İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi 2009 жылғы 19 ақпанда Түркияның Ұлы Ұлттық Жиналысының № 5839 Заңы негізінде «Vatan» денсаулық сақтау және білім беру қорының (Vatan Sağlık ve Eğitim Vakfı — VASEV) шеңберінде құрылды. Қордың тамыры 1974 жылға — Түркияның жеке денсаулық сақтау саласындағы ең ықпалды тұлғалардың бірі доктор Азми Офлуоғлу Vatan ауруханалары тобын, тарихи Неміс ауруханасын (Alman Hastanesi) және Стамбулдағы Италия ауруханасын қоса алғанда, кейіннен елдегі алғашқы жеке клиникалар желісіне айналған шаңырақтың іргетасын қалаған сәтке тіркеледі. Бұл мекемелер Түркияның заманауи жеке денсаулық сақтауын қалыптастыруда шешуші рөл атқарып, клиникалық шеберлік саласында мінсіз бедел тапты. Медицинадағы, клиникаларды басқарудағы және медициналық білім берудегі ондаған жылдық тәжірибеге сүйене отырып, VASEV өз әлеуетін жоғары білім саласына бағыттаудың стратегиялық шешімін қабылдады, ол İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi-нің құрылуына әкелді.
Университет алғашқы оқу жылын 2010–2011 жылдары жеті факультет пен екі кәсіптік мектепке 860 студентті қабылдаумен бастады. Алғашқы күннен бастап ЖОО анық идеяның төңірегінде құрылды: әлемдік деңгейде бәсекеге қабілетті мамандарды шығаратын зерттеу университеті болу және Ататүріктің этикалық қағидалары мен зайырлы мұраттарына адал қалу. 2018–2019 оқу жылына қарай Yeni Yüzyıl он факультетке дейін өсті — медицина, стоматология, фармация, құқық, бейнелеу өнері, экономика және басқару, денсаулық сақтау ғылымдары, жаратылыстану және гуманитарлық ғылымдар, коммуникациялар, инженерия және сәулет, спорт ғылымдары, — сондай-ақ екі кәсіптік мектеп, үш магистратура институты, 27 бакалавриат бағыты, 25 орта кәсіптік білім бағдарламасы және оннан астам магистратура мен PhD бағдарламасын қамтыды. Оқытушылар құрамы 96 профессор, 30 доцент және 188 аға оқытушыны қоса алғанда, шамамен 600 адамға жетті.
Кампустардың инфрақұрылымы университеттің медициналық ДНК-сын бейнелейді. Доктор Азми Офлуоғлу атындағы басты кампус Topkapı ауданында жеті қабатты 37 445 м² негізгі ғимаратты және дәрісханалармен, семинар залдарымен, әкімшілік үй-жайлармен жабдықталған он қабатты 20 000 м² қосымша корпусты қамтиды. Cevizlibağ кампусында өмір туралы ғылымдар мен технологиялар зертханасы, сондай-ақ медицина, молекулалық биология, биомедициналық инженерия, диетология және сот генетикасы салаларында пәнаралық жобалар жүзеге асырылатын криминалистикалық зертхана орналасқан. Стоматология факультеті Sütlüce-Halıcıoğlu ауданындағы жеке сегіз қабатты ғимаратта 60 стоматологиялық қондырғыны қамтитын сегіз клиника, орталық стерилизация блогы, операциялық бөлме, шұғыл қызмет және конференц-зал — жалпы 3 800 м² — алып жатыр. Клиникалық экожүйенің інжу-маржаны Газиосманпаша ауруханасының кампусы; ол 59 827 м² алып жатыр және 117 емханалық бөлімшені, 12 операциялық, 254 палата мен 336 төсек-орынды қамтиды. 2017 жылы аурухана Joint Commission International (JCI) аккредитациясынан өтіп, әлемдік деңгейдегі ең жоғары пациент қауіпсіздігі мен медициналық көмек сапасы стандарттарына сәйкестігін растады.
Халықаралықтандыру алғашқы күннен Yeni Yüzyıl-дың басымдығы болды. Университет құрылған жылы Erasmus хартиясын алды; бұл студенттерге Еуропаның 46 елінде бір немесе екі семестр оқуға мүмкіндік береді. Бүгінде ЖОО Италияның, Испанияның, Грецияның, Германияның, Португалияның, Польшаның, Румынияның, Болгарияның, Бельгияның, Венгрияның, Чехияның, Хорватияның, Солтүстік Македонияның, Литваның, Словенияның және Словакияның университеттерімен 77 екіжақты Erasmus+ серіктестігін қолдайды, сонымен қатар басқа континенттердегі ЖОО-мен өзара түсіністік туралы меморандумдары бар. Белсенді сабақтан тыс өмір академиялық бөлікті толықтырады: 49-дан астам студенттік клуб ғылым мен технологиядан өнер мен спортқа дейінгі бағыттарды қамтиды, бұл студенттерге дәрісханалардан тыс жан-жақты дамуды қамтамасыз етеді.