İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi 19 Şubat 2009'da Türkiye Büyük Millet Meclisi'nin 5839 sayılı Kanunu ile Vatan Sağlık ve Eğitim Vakfı (VASEV) himayesinde kurulmuştur. Vakfın kökleri 1974 yılına, Türkiye'nin özel sağlık sektörünün en etkili figürlerinden biri olan Dr. Azmi Ofluoğlu'nun ülkenin ilk özel klinik ağının — ünlü Vatan hastane grubu, tarihi Alman Hastanesi ve İstanbul'daki İtalyan Hastanesi'nin de dahil olduğu yapının — temellerini attığı döneme uzanır. Bu kurumlar Türkiye'nin modern özel sağlık hizmetlerinin biçimlenmesinde belirleyici rol oynamış ve klinik mükemmellik alanında kusursuz bir itibar kazanmıştır. Tıp, hastane yönetimi ve tıp eğitimindeki onlarca yıllık deneyime dayanarak VASEV potansiyelini yükseköğretim alanına yönlendirmek üzere stratejik bir karar almış; bu da İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi'nin kurulmasına yol açmıştır.
Üniversite ilk öğretim yılına 2010–2011'de yedi fakülte ve iki meslek yüksekokulundaki 860 öğrenciyle başlamıştır. En başından itibaren kurum açık bir vizyon etrafında inşa edilmiştir: küresel düzeyde rekabetçi uzmanlar yetiştiren bir araştırma üniversitesi olmak ve bu yolda Atatürk'ün etik ilkelerine ve laik ideallerine bağlı kalmak. 2018–2019 öğretim yılına gelindiğinde Yeni Yüzyıl on fakülteye — Tıp, Diş Hekimliği, Eczacılık, Hukuk, Güzel Sanatlar, İktisadi ve İdari Bilimler, Sağlık Bilimleri, Fen-Edebiyat, İletişim, Mühendislik ve Mimarlık, Spor Bilimleri — yükselmiş; ayrıca iki meslek yüksekokulu, üç lisansüstü enstitü, 27 lisans bölümü, 25 önlisans programı ile bir düzineyi aşkın yüksek lisans ve doktora programını bünyesinde barındırmıştır. Öğretim kadrosu 96 profesör, 30 doçent ve 188 öğretim görevlisini içeren yaklaşık 600 kişiye yükselmiştir.
Kampüs altyapısı üniversitenin tıp DNA'sını yansıtır. Topkapı ilçesindeki Dr. Azmi Ofluoğlu ana kampüsü 37.445 m²'lik yedi katlı ana bina ile derslikler, seminer salonları ve idari mekânları barındıran 20.000 m²'lik on katlı ek binayı içerir. Cevizlibağ kampüsü Yaşam Bilimleri ve Teknoloji Laboratuvarı ile tıp, moleküler biyoloji, biyomedikal mühendislik, diyetetik ve adli genetik alanlarında disiplinlerarası projelerin yürütüldüğü adli bilimler laboratuvarına ev sahipliği yapar. Diş Hekimliği Fakültesi Sütlüce-Halıcıoğlu semtinde, 60 diş ünitesini barındıran sekiz klinik, merkezi sterilizasyon ünitesi, ameliyathane, acil servis ve konferans salonu bulunan ayrı sekiz katlı bir binada toplam 3.800 m²'lik alana sahiptir. Klinik ekosistemin incisi 59.827 m²'lik Gaziosmanpaşa hastane kampüsüdür; 117 poliklinik, 12 ameliyathane, 254 servis ve 336 yatak içerir. 2017'de hastane Joint Commission International (JCI) akreditasyonu almış; bu, hasta güvenliği ve sağlık hizmeti kalitesinde dünya standartlarına uygunluğu doğrulamıştır.
Uluslararasılaşma ilk günlerden itibaren Yeni Yüzyıl'ın önceliği olmuştur. Üniversite, kurulduğu yıl Erasmus Bildirgesi'ni almış; bu da öğrencilerin 46 Avrupa ülkesinde bir veya iki dönem geçirmesine imkân tanımıştır. Bugün üniversite İtalya, İspanya, Yunanistan, Almanya, Portekiz, Polonya, Romanya, Bulgaristan, Belçika, Macaristan, Çek Cumhuriyeti, Hırvatistan, Kuzey Makedonya, Litvanya, Slovenya ve Slovakya'daki üniversitelerle 77 ikili Erasmus+ ortaklığını sürdürmekte ve diğer kıtalardaki üniversitelerle de mutabakat zaptlarına sahiptir. Akademik tarafı zengin bir ders dışı yaşam tamamlar: 49'u aşkın öğrenci kulübü bilimden teknolojiye, sanattan spora kadar pek çok alanı kapsayarak öğrencilerin sınıf duvarlarının ötesinde çok yönlü gelişimini sağlar.