İstanbul Topkapı Üniversitesi'nin tarihi 21 Nisan 2009 tarihinde, Türkiye Cumhuriyeti Bakanlar Kurulu kararıyla (14944 sayılı karar) İrfan Saray Eğitim Vakfı tarafından kurulan Plato Meslek Yüksekokulu'nun açılışına kadar uzanır. Yeni öğretim kurumunun fikir babası ve mütevelli heyeti başkanı, dünyaca ünlü Türk yönetmen ve yapımcı Sinan Çetin'di; o, sanatçıları, iş insanlarını ve akademisyenleri proje etrafında bir araya getirdi. Okul başlangıçta Beyoğlu ilçesinde dört bölümle açılarak medya, tasarım, teknoloji ve iletişim alanlarında uzman yetiştirmeye odaklandı. Çok geçmeden kurum, İstanbul'un Avrupa yakasında, Eski Şehir'in eşsiz mimarisiyle çevrili tarihi Balat semtine taşınarak ilk tam kampüsüne kavuştu.
2016 yılında Plato Meslek Yüksekokulu büyük bir dönüşüm geçirdi: YÖK kararıyla kurum tam üniversite statüsü kazandı ve İstanbul Ayvansaray Üniversitesi adını aldı. Bu, akademik portföyün önemli ölçüde genişlemesine olanak tanıdı — lisans ve yüksek lisans programları açıldı, yeni fakülteler ve araştırma merkezleri kuruldu. Üniversite kampüs altyapısını hızla geliştirmeye başlayarak İstanbul'un farklı semtlerinde eğitim noktaları açtı.
Mart 2022'de üniversite, bugünkü adı olan İstanbul Topkapı Üniversitesi'ni alarak yeni bir döneme adım attı. Yeniden markalama, kurumun İstanbul'un zengin tarihi ve kültürel mirasıyla derin bağını simgeliyordu: Topkapı yalnızca coğrafi bir ad değil; dört yüzyıl boyunca Osmanlı padişahlarının ikametgâhı ve İstanbul'un büyüklüğünün simgesi olan efsanevi Topkapı Sarayı'na bir göndermedir. Bugün İstanbul Topkapı Üniversitesi, toplamda yaklaşık 150.000 metrekareye yayılan altı kampüse sahip, dinamik biçimde gelişen bir vakıf üniversitesidir. Zeytinburnu ilçesinde yer alan ve "Yeşil Kampüs" olarak bilinen ana Kazlıçeşme kampüsü; İktisadi, İdari ve Sosyal Bilimler Fakültesi'ni, Güzel Sanatlar, Tasarım ve Mimarlık Fakültesi'ni ve Plato Meslek Yüksekokulu'nu barındırmaktadır. Ek kampüsler Balat, Şişli, Altunizade, Yenibosna, Bahçeşehir ve Levent'te faaliyet göstererek öğrencilere şehrin her köşesinden eğitime kolay erişim imkânı sunar.
Üniversitede yedi fakülte (mühendislik; iktisadi, idari ve sosyal bilimler; güzel sanatlar, tasarım ve mimarlık; spor bilimleri; sağlık bilimleri; insan ve sosyal bilimler; iletişim), Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Yabancı Diller Yüksekokulu, Plato Meslek Yüksekokulu ve TÖMER (Türkçe Öğretim Merkezi) ile Göç Politikaları Araştırma Merkezi dahil yedi araştırma merkezi bulunmaktadır. Üniversite toplamda 118 akademik program sunmaktadır: 56 önlisans, 35 lisans ve Türkçe ile İngilizce 25'ten fazla yüksek lisans ve doktora programı. Kütüphane koleksiyonu 36.000'i aşkın basılı yayın, 5.000 dergi ve 3.000 e-kitap içermektedir. Üniversite Erasmus+, Al-Farabi ve Mevlana değişim programlarına etkin biçimde katılmakta ve 63 ülkeden öğrenci ağırlamaktadır. Bugün üniversitede 15.000'i aşkın öğrenci, bunların yaklaşık 2.000'i uluslararası öğrenci öğrenim görmekte; toplam mezun sayısı 13.500'ü geçmiştir. Öğrenci yaşamı; girişimcilik, spor, müzik, psikoloji, tasarım ve birçok alanı kapsayan 65 aktif kulüple temsil edilmektedir.